Fu deciso pertanto di realizzare il complesso nel quartiere di Civitanova nel luogo dove preesisteva una più antica chiesetta dedicata a Santa Maria Maddalena che venne abbattuta unitamente all'annesso piccolo ospedale. 

I lavori iniziarono nel 1504, furono ultimati intorno al 1513 e la chiesa consacrata nel 1518 da Mons. Angelo Maccafani primo Vescovo di Lanciano.

Con la soppressione degli ordini religiosi avvenuta nel 1808, il complesso conventuale fu adibito a carcere mandamentale e l'annessa chiesa di Santa Maria la Nova affidata, intorno al 1831, alla Confraternita di Santa Maria delle Grazie, San Giuseppe e San Francesco da Paola.

Solo nel 1850 la chiesa ha assunto l'attuale nome di Santa Giovina; quando, su richiesta del Padre Agostiniano Antonino Maria Di Iorio (nativo di Lanciano) e per concessione del Papa Pio IX., con una solenne cerimonia furono traslati nella chiesa lancianese i resti della Martire Fanciulla Santa Giovina conservati nella Basilica romana di S. Ermete.

La facciata si presenta imponente pur nella semplice nudità del mattone, con la porta priva di portale, sormontata da una lunetta e molto più in alto da un rosone con assenza totale di decorazioni.

All'interno, ad unica navata e dall'aspetto sobrio ed elegante, si conserva la statua in cera della Santa ed un organo del 1700 che recenti lavori di restauro hanno riportato all'antico splendore.